mNGS/tNGS再升級：追蹤新冠病毒最新變異！
2023-01-07 閱讀數(shù)：4093
截至2023年1月6號，COVID-19已造成全球670萬人死亡，6.62億人確診[1]，是人類歷史上大規(guī)模流行病之一。
科學(xué)家們以史無前例的速度研發(fā)疫苗，但病毒變異的速度遠(yuǎn)超我們想象，最早在武漢出現(xiàn)的毒株幾乎消失不見，隨之而來的是連續(xù)不斷的變異株：alpha、beta、gamma、delta、omicron等等。
當(dāng)前，全球共享流感數(shù)據(jù)倡議組織 (GISAID) 開放平臺上，新型冠狀病毒總基因序列數(shù)目總計(jì)達(dá)到14,463,569[2]，現(xiàn)階段國內(nèi)流行株為Omicron BA.5.2和BF.7，最近陸續(xù)出現(xiàn)新型毒株BQ.1和XBB，但尚未形成大規(guī)模傳播。
新型冠狀病毒在進(jìn)化過程中，傳播力和免疫逃逸能力逐漸增加，致病性和毒力逐漸降低，基于新冠病毒當(dāng)前的發(fā)展階段，2022年12月26日，國家衛(wèi)健委發(fā)布了《關(guān)于印發(fā)對新型冠狀病毒感染實(shí)施“乙類乙管”總體方案的通知》[3]，提出自2023年1月8日起對新型冠狀病毒感染實(shí)施“乙類乙管”。
華銀康集團(tuán)作為第三方醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)，始終牢記讓人們的生活更健康的使命，積極響應(yīng)國家政策號召，努力提升增值服務(wù)。現(xiàn)已完成新冠分型的研發(fā)，1月8日正式上線！
產(chǎn)品升級點(diǎn)
1
mNGS宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)(RNA)新增新型冠狀病毒鑒定及分型檢測
可覆蓋5種主要毒株譜系及其亞型檢測：包括Alpha（≥10種亞型）、Beta（≥8種亞型）、Gamma（≥25種亞型）、Delta（≥300種亞型）、Omicron（≥789種亞型），共計(jì)3000+變異株亞型。
檢測方法：將非人源序列與GISAID數(shù)據(jù)庫收錄的毒株進(jìn)行比對，按照nextstrain和pangolin的分型方法進(jìn)行病毒譜系分析并鑒定新冠病毒變異信息。
檢測閾值：新冠病毒載量越高，分型結(jié)果越準(zhǔn)確。mNGS宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)(RNA)檢出的新冠序列數(shù)大于3000即可分型；部分樣本序列數(shù)大于1000也可分型。
報(bào)告展示：
病原宏轉(zhuǎn)錄組檢測報(bào)告
2
四種常規(guī)tNGS產(chǎn)品，全面實(shí)現(xiàn)對新型冠狀病毒的檢測
檢測方法：以新冠病毒參考基因組(NC_045512. 2)為基礎(chǔ)設(shè)計(jì)特異性引物，在設(shè)計(jì)引物時(shí)需避開其它亞型的多態(tài)性位點(diǎn)，同時(shí)還需要避免與原有病原體的引物發(fā)生相互作用。新冠病毒通用型引物設(shè)計(jì)完成之后，加入原本tNGS引物體系中，經(jīng)過重復(fù)性、一致性、檢測下限等性能確認(rèn)，最終實(shí)現(xiàn)對新冠的檢測。
報(bào)告展示：
靶向病原微生物檢測（tNGS）報(bào)告
tNGS產(chǎn)品新冠分型檢測正在努力研發(fā)中，敬請期待！
本次升級加量不加價(jià)，以期助力新冠病毒的精準(zhǔn)鑒定、分型以及變異追蹤，為人們的健康生活盡一份綿薄之力。
華銀康感染性疾病綜合診斷中心
感染性疾病綜合診斷中心以病原宏基因組測序（mNGS）、病原體靶向測序（tNGS）技術(shù)為核心，聯(lián)合常見感染指標(biāo)檢測、顯微鏡檢、PCR檢測、質(zhì)譜檢測、免疫學(xué)檢測、全自動化流水線微生物培養(yǎng)與藥敏鑒定，形成優(yōu)勢互補(bǔ)的綜合診斷平臺；依托南方醫(yī)科大學(xué)南方醫(yī)院感染專家顧問團(tuán)隊(duì)，以臨床患者診療需求為導(dǎo)向，形成特色的臨床診斷路徑，為不同感染癥候群體提供更快、更全、更準(zhǔn)的一站式感染綜合診斷服務(wù)。
[1]COVID-19 Dashboard by the Center for Systems Science and Engineering (CSSE) at Johns Hopkins University (JHU).ArcGIS. Johns Hopkins University.
[2]全球共享流感數(shù)據(jù)倡議組織(GISAID) GISAID - gisaid.org
[3]http://www.nhc.gov.cn/xcs/zhengcwj/202212/e97e4c449d7a475794624b8ea12123c6.shtml
